Năm 1941, thực dân Pháp xây dựng khu vực này làm kho chứa vũ khí để đánh Nhật. Ngày 09/3/1945, Nhật đảo chính Pháp ở Đông Dương, từng đoàn xe của Nhật chở vũ khí về Huế, căn hầm bỏ trống. Khi thực dân Pháp quay lại xâm lược Việt Nam, chúng đã sử dụng những căn hầm này thành nơi giam giữ tù binh. Sau năm 1954, khi Ngô Đình Diệm lên làm tổng thống Việt Nam Cộng hòa với những chính sách “Tố cộng” “Diệt cộng” của chế độ độc tài Ngô Đình Diệm, đặc biệt dưới bàn tay Ngô Đình Cẩn và bè lũ tay sai đã cải tạo khu vực này thành khu vực nhà giam Chín Hầm (gọi là Chín Hầm nhưng thực chất chỉ có 8 hầm và một trại gác của lính) thành nơi giam giữ, tra tấn và thủ tiêu các chiến sĩ cách mạng và đồng bào yêu nước trên dải đất miền Trung.

       Ngô Đình Cẩn (1911-1964), Cẩn rất thích mặc áo dài, chân đi guốc mộc, miệng nhai trầu, đầu đội khăn xếp nên nhân dân Huế thường gọi Cẩn bằng hỗn danh “cậu út trầu”. Sau này, với những việc làm của Cẩn đã gây ra tại Chín Hầm, nhân dân đổi từ “cậu út trầu” thành “Bạo chúa miền Trung”. Tại miền Trung, Ngô Đình Cẩn được bổ nhiệm chức “cố vấn chỉ đạo các đoàn thể chính trị trong và ngoài nước”. Bản chất phong kiến, tư tưởng nông dân, tín ngưỡng thiên chúa, độc tài gian ác mưu mô xảo quyệt, đã gây ra nhiều tội ác đối với sinh viên, học sinh, phật giáo, công thương kỷ nghệ gia, các nhân sỹ trí thức đặc biệt các chiến sỹ cộng sản. Dưới tay Cẩn là một bè lũ tay sai như: Phan Quang Đông, Đặng Sỹ, Dương Văn Hiếu, Lê Khắc Duyệt, Vũ Đình Ban, Nguyễn Chữ, Trần Văn Hương. Trong thời gian cầm quyền, Ngô Đình Cẩn đã tổ chức bắt những chiến sĩ cộng sản hoạt động tại miền Trung, những người chống đối hay những người có tư thù với mình. Với những chính sách khắc nghiệt, Ngô Đình Cẩn bị nhân dân lên án dữ dội. Trong dân gian đã xuất hiện bài “Vịnh chuồng cọp” nhằm mỉa mai Ngô Đình Cẩn:

 Kìa xem chú cọp vẻ vang thay

Sảnh rộng thềm cao ngự bấy nay

Một kiếp tàn hung hùm xám đó

Muôn dân ghê rợn ác ôn này

Chầu hầu bao kẻ khôn gần mặt

Thăm viếng nào ai dám bắt tay

Mưa gió lầm than đâu đấy mặc

Phòng riêng mặc ấm, tháng năm chày.

       Tùy theo thành phần và phạm tội khác nhau mà Cẩn cho giam giữ các chiến sĩ ở các hầm khác nhau. Tội phạm về hình sự của các tôn giáo (chủ yếu là phật giáo), một số người trong các tổ chức chính trị đối lập, những người tham gia các cuộc đấu tranh biểu tình như học sinh, sinh viên, tiểu thương, đồng thời nhà giam Chín Hầm là trung tâm giam giữ các cán bộ chiến sĩ cách mạng mà chúng bắt về từ nhiều nơi trên cả nước, tại đây chúng tra khảo phân loại tù nhân để có đối sách cụ thể cho từng người, những người chúng coi là trọng tội nguy hiểm thì đưa vào biệt giam cầm cố, ngày đêm cho binh lính, thuộc hạ tay chân canh giữ cẩn mật “Nội bất xuất, ngoại bất nhập” với hệ thống bao bọc bên ngoài bằng 5 lớp thép gai và nghiêm cấm người lạ xuất hiện ở khu vực này, nhà giam Chín Hầm trở thành “Khu vực cấm”

        Các hầm đều được xây dựng bằng bê tông kiên cố theo lối bán quân sự, nửa chìm nửa nổi. Trước mặt đường là ba hầm: 1,2,3; Ở đỉnh đồi là hầm số 4 và trại gác của lính; Sau lưng đồi là các hầm số 5,6,7,8. Tất cả các hầm đều nằm xung quanh ngọn núi Thiên Thai lưng quay vào đỉnh đồi, hướng mặt ra chân đồi. Mỗi hầm có mỗi chức năng riêng, mỗi căn hầm là một ngôi mộ chôn những người sống đúng cả nghĩa bóng và nghĩa đen.

        Từ khi Chín Hầm được xây dựng xong hàng ngàn người yêu nước của bao thế hệ con người Việt Nam đấu tranh chống lại chế độ tay sai thực dân, đế quốc xâm lược đã phải sống và chết nơi chốn lao tù này. Đặc biệt sau năm 1954 Chín Hầm là trung tâm giam giữ những chiến sỹ cách mạng. Đây là một kiểu nhà tù đặc biệt điển hình của chế độ gia đình trị họ Ngô ở miền Trung. Để khủng bố tù nhân, bọn tay chân của Ngô Đình Cẩn đã thực hiện các hình thức tra tấn dã man, đánh đập tra tấn lúc nào chúng muốn, với đủ hình thức tra tấn: Đóng người lên tường, dùng dao xẻo từng miếng thịt, tra điện vào đầu ngón tay, ngón chân ….hay bắt tù nhân phải thức suốt ngày suốt đêm, buộc người tù phải kéo dài cơn hấp hối trong muôn vàn đau đớn

      Vào đây mỗi tù nhân được cấp một lon uống nước, dĩa ăn cơm, xô đi tiểu tiện và đại tiện. Căn hầm luôn tràn ngập mùi hôi thối bốc lên từ xác chết của chuột, mùi sủng mục của những vũng nước ứ đọng không kịp thoát, mùi máu mủ của những vết thương lỡ loét không được điều trị trộn lẫn với mùi phân người. Ngoài ra, người tù còn chịu vô số âm thanh, hít thở mùi hôi thối, đối diện với bức tường câm lặng, chống chọi với muỗi, rắn, rết; với cái đói, cái khát, cái lạnh của mùa đông, cái nắng, nóng của mùa hè, những cơn đau dày vò cơ thể mà không được thuốc thang. Người tù muốn sống thì phải ăn, nhưng ăn ở đây cũng có thể nói một cách hành hạ tù nhân một cách hiểm độc. Hằng ngày, hai bữa sáng, tối là cơm nguội, cơm hẩm, cơm sống, cơm mang xuống hầm khi nào cũng nguội và ôi. Những hạt cơm khô rời rạc, nhai nghe sừng sực chẳng có tí chất dẻo nào. Thức ăn thường là rau cho lợn với một ít cá khô mục hoặc mắm thối. Thỉnh thoảng thức ăn với cơm còn trộn một ít đất hoặc dầu hỏa. Đáng sợ nhất là cơm trộn với muối kéo dài đến hàng tuần. Đó là đòn dứt điểm đối với những tù nhân đang kiệt sức không thể kéo dài thêm sự sống.

              …. Kiểu giết người được tính toán từng ly

                   Giết cho hay gấp mấy kiểu lăng trì

                   Nói cho đúng đây là hầm tra tấn

                   Tra không nghỉ, tra trường kỳ vô hạn

                   Sống ngắc ngư, sống vật vã hình hài

                   Một cái sống làm bằng nghìn cái chết

                   Càng cố sống càng đau nhừ xác thịt….

                   Nghĩ đến ăn anh đã thấy rung mình

                   Cơm đã ghê nước uống lại càng ghê hơn

                   Cơm muối no lại nước lã chơi vào

                   Ruột gan nào mà chịu mãi được sao

                   Không chịu được cũng phải ăn phải uống

                   Cho đến lúc anh hoàn toàn ngục ngã….

         Với tất cả cuộc sống sinh hoạt này là môi trường kiếm ăn của chuột, rắn, rết là nơi hoành hành của nhiều loại bệnh như: bệnh phù, tê liệt, ỉa chảy, kiết lị… Đặc biệt, qua tập thơ “Sống trong mồ” của Nguyễn Minh Vân đã ghi lại cuộc sống của các chiến sĩ cách mạng và đồng bào yêu nước bằng những hình tượng văn học rất hiện thực. Tập thơ như một lời mở đầu cho thiên trường tố cáo tội ác, đồng thời là tiếng kêu phẫn nộ của hàng chục vạn anh em tù chính trị bị giam cầm, đày ải, bị thủ tiêu ở Chín Hầm.

        Nguyễn Đình Quảng (1923-2014, Thân phụ Nguyễn Đình Hiến, thân mẫu Tôn Nữ Thị Trinh) tên hay dùng là Nguyễn Minh Vân, bút danh là Nguyễn Dân Trung còn gọi là anh Năm Trung (là một trong ba đồng chí bị giam tại hầm số 8, sống sót sau vụ đảo chính tháng 11/1963, và đồng chí Bùi Bá Vu, Nguyễn  Văn Quý). Đồng chí đã tận mắt chứng kiến cuộc sống tù đày của các anh em tù chính trị phải chống chọi với những thiếu thốn về vật chất và tinh thần, trong những ngày bị đày ải giữa cái sống và cái chết kề cận trong gang tấc, nhưng với bản lĩnh thép, kiên cường của người chiến sĩ cộng sản, đồng chí sáng tác và học thuộc lòng 3000 câu thơ. Sau này 3000 câu thơ được tập hợp lại thành một tập thơ với tựa đề “Sống trong mồ”. Tập thơ này là bản cáo trạng đanh thép, đầy thuyết phục về tội ác của chế độ gia đình trị họ Ngô. Đồng thời 3000 câu thơ đã toát lên bản anh hùng ca bất khuất được viết bằng máu, mồ hôi, nước mắt của các chiến sĩ cách mạng và đồng bào yêu nước tại nhà giam Chín Hầm. Tập thơ có những câu thơ:

Các anh:    Những người hầm thế kỷ hai mươi

                   Như người cổ sơ trần trụi giữa hang dơi.

Các anh ở:   Hai thước chuồng lạnh hơn hốc đá

                    Ngày thiếu ánh trời, đêm không ánh lửa

                    Các anh thở rặt mùi phân

                   Nằm trên ván trét bùn

                   Đánh nhau với chuột

                   Bạn cùng dế giun

Các anh ăn:  Cơm sống trộn dầu hôi

                   Mắm tanh mùi thịt rữa

Các anh uống:     Nước khe nước lá

                             Quần áo các anh là giẻ rách tả tơi

                             Lộ rõ hình tù bụng hở lưng phơi

                             Tấm thân gầy nghìn ngày không tắm rửa

                             Ghét đóng dày thành chai

                             Tóc rối xù xuống vai….

          Thật vậy, trong thế hệ chúng ta, những người đang sống khi nghe hai tiếng “Chín Hầm” đều nghĩ ngay đến những tội ác tầy trời của chính quyền họ Ngô mà trực tiếp là tên bạo chúa miền Trung Ngô Đình Cẩn. Những tù nhân khi đưa đến Chín Hầm đầu bịt mắt, còng tay, để cho tù nhân không biết đó là đâu, chúng quẳng tù nhân lên xe, người tù chỉ nghe “tiếng sắt khua, tiếng dây xích kéo rê”.

“Đứa túm gáy, đứa vặn tay day áo

Đứa nắm túi, đứa lần lưng sục sạo

Đứa móc khăn, đứa lột dép lôi quần….”

         Đồng chí cựu tù Côn Đảo Nguyễn Văn Thành (hiện sống tại thủ đô Hà Nội) sau khi đến thăm khu di tích lịch sử Chín Hầm đã thốt lên: “Bản thân tôi đã đối mặt với kẻ thù gần 11 năm ở các địa ngục: Bạch Đằng 3 - Chí Hòa rồi chuồng cọp, hầm đá Côn Đảo nhưng tôi phải rùng mình trước sự tàn bạo cùng cực của kẻ thù đối với đồng bào, đồng chí, đồng đội của tôi ở khu biệt giam Chín Hầm này”.

        Sau năm 1975, cụ Đào Duy Anh về thăm Huế, nhà sử học lão thành Đào Duy Anh đã không cầm được nước mắt, chia sẻ: “Tôi đã đọc kỹ tập thơ Sống trong mồ của Nguyễn Dân Trung, giờ đây được chứng kiến tận mắt cái địa ngục trần gian này, tôi không thể nào hiểu được. Không biết trên thế giới còn có nơi nào biệt giam con người tàn nhẫn đến như thế này không!”

        Chính tác giả tập thơ, Đại tá Nguyễn Minh Vân rưng rưng kể: “Cảnh anh em chết thật não lòng. Anh Bích nằm sõng soài trên đống phân, anh Đà nằm nửa người trên ván, nửa người vật ra ngoài, mặt úp xuống nền. Địch bỏ mặc thi thể người chết cho bầy chuột đói, có khi đến 2 ngày mới đem đi chôn”

        Thời gian đã trôi qua nhưng tội ác của chế độ gia đình trị họ Ngô mà trực tiếp dưới bàn tay Ngô Đình Cẩn và bè lũ tay sai vẫn còn khắc sâu trong lòng người dân xứ Huế mỗi khi nhắc tới khu vực nhà giam Chín Hầm. Đồng thời, nơi đây đã từng chứng kiến biết bao hi sinh, mất mát của các chiến sĩ cách mạng và đồng bào yêu nước. Nhớ đến Chín Hầm là chúng ta nhớ đến tinh thần cách mạng, ý chí kiên định, không khuất phục của các chiến sĩ cách mạng và đồng bào yêu nước khi đối mặt với bạo chúa miền Trung Ngô Đình Cẩn và bè lũ tay sai.

         Để tưởng nhớ, tri ân tới các chiến sĩ cách mạng và đồng bào yêu nước đã ngã xuống tại khu vực nhà giam Chín Hầm, đồng thời để ghi dấu tội ác của Ngô Đình Cẩn và bè lũ tay sai, di tích lịch sử Chín Hầm được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ VHTTT và DL) công nhận là di tích lịch sử cấp Quốc gia theo quyết định số 2015.VH – QĐ ngày 16/12/1993.